质粒提取的操作，大家基本上都能够正确地完成，但是质粒提取背后的原理，未必每个人都清楚。除了常规的质粒抽提外，还有质粒大提，质粒快提等试剂盒。唯有搞清楚原理，才能更好地掌握质粒提取。

细菌中存在蛋白，chromsomal DNA,plasmid DNA,RNA，我们的目的是把质粒DNA给拽出来，而且不能掺杂其他的生物大分子。蛋白可以让它沉淀，RNA可以加入RNase降解，最关键的是把chromosomal DNA和plasmid DNA给区分开来。

细菌的chromosomal DNA是环状的，上面结合有多种NAPs (nucleoid-associated proteins)。plasmid DNA游离于细胞质中，以共价闭环cccDNA（convalently closed circular DNA）形态存在。研究发现，在PH为12.0-12.5，非常窄的范围内，线性DNA会发生变性，而cccDNA不会发生变性。1979年，J.Doly发表文章a rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA的论文，阐释了质粒提取的方法，也就是经常说的碱裂解法。

• 碱裂解抽提原理

1.细菌悬浮液暴露于碱性的强阴离子试剂中，使细胞壁破裂，染色体DNA和蛋白质变性，与P2试剂中的十二烷基硫酸钠（SDS）相互缠绕成大型复合物。

2.当加入乙酸钾试剂（P3）中和后，乙酸钾中钾离子取代钠离子形成不溶的十二烷基硫酸钾。

3.由于大肠杆菌基因组属于大分子且有较复杂的空间结构难以复性，在离心时与变性的DNA、蛋白质共沉淀。

4.小分子质粒DNA则很快复性并溶解于中和液中，使得质粒与大部分的大肠杆菌基因组DNA及蛋白质分离

OD值260/230  ＜1.8 盐含量超标

• 质粒的提取和纯化是质粒制备至关重要的步骤，如果处理不当，可能会给下游实验带来一系列不良影响

1.提取和纯化不彻底的质粒中可能含有杂质，如宿主细胞DNA、RNA、蛋白质或其他细胞成分。这些杂质可能会干扰后续的分子生物学实验，如PCR、酶切、测序等，导致实验结果不准确或难以解读。

3.影响质粒稳定性：如果质粒的提取和纯化过程中操作不当，可能会导致质粒的降解或损伤。这可能会降低质粒的稳定性，使得其在储存和使用过程中容易失效，从而影响药物研发的进度和效果。